Szekunder elektronok segítségével a vizsgált minta topográfiájáról kaphatunk képet.

A pásztázó elektronmikroszkóp dikroikus tükör segítségével irányítja az elektronnyalábot.  

Félvezető alapú 4 szegmenses BSE detektor segítségével szekunder elektronok mutathatóak ki.

A vizsgált mintát besugárzó elektronnyaláb kiüti az atommagok körüli elektronokat melyeket visszaszórt elektronnak hívunk.

Az atomerő mikroszkóp az atomok közötti vonzó és taszító erőket mérni. 

Atomerő mikroszkópiát előbb alkalmazták, mint a Pásztázó alagútáram mikroszkópiát.

Az atomerő mikroszkóp PID szabályozó segítségével határozza meg, hogy mekkora legyen a vízszintes irányú elmozdulás, nehogy a rezgőlapka elakadjon a vizsgált mintában. 

Atomerő mikroszkóp piezoelektromos kristályok segítségévek képes atom pontosan mozgatni a vizsgált mintát.