Existen numerosos ejemplos de formas intermedias, lo que indica que los ojos complejos pueden evolucionar a través del cambio gradual.

Regiones que codifican para proteínas tienden a tener una tasa mas rápida de evolución mientras que regiones no codificantes como intrones, pseudogenes, y regiones intergenicas son mas conservadas.

La teoría de la “biogeografía insular” explica la evolución de las abejas en Puerto Rico.