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Un fichier PDB contient les coordonnées des atomes quand la ligne commence par le mot ATOM. Voici un extrait de la page de Pierre Poulain qui montre le format PDB :
Avec une commande comme
egrep 'regex' file.pdbon peut facilement extraire les atomes qui nous intéressent.Quelle regex extrait seulement les atomes des glycines ?