Mõlemad teevad sama asja — kaitsevad XSS-rünnakute eest

urlencode() töötab ainult POST päringutega, htmlspecialchars() ainult GET päringutega

urlencode() on vanem funktsioon, htmlspecialchars() on uuem

urlencode() kodeerib andmed URL-i parameetritesse sobivaks; htmlspecialchars() kaitseb HTML-lehel kuvamisel XSS-i eest — need lahendavad erinevaid probleeme