Do głównych zagrożeń wdrożenia lean management  w logistyce można m.in. zaliczyć:

•  przekształcenie tej metody w prostą racjonalizację, z groźbą obniżenia płynności;,
• spadek jakości,

• zaniedbywanie

  klientów,

• stres pracowników i spadek motywacji,
• powierzchowną redukcję personelu,

• wzrost zapotrzebowania na siły fachowe i jednoczesne zaniedbywanie

  problemów pracowników o niższych kwalifikacjach.