Potenciálne zníženie efektívnosti vykonávania programového kódu

Nie je kompatibilná s používaním kryptografie

Zhoršená možnosť reverzného inžinierstva a čitateľnosti kódu

Nevyhnutná reverzibilita programového kódu - kód musí byť aj po obfuskácii vykonateľný a dodávať pôvodnú funkcionalitu