Los ooquistes esporulados son ingeridos por el huésped y se disuelven en el estómago, liberando esporozoítos que invaden enterocitos en el intestino grueso, donde se desarrollan en trofozoítos que provocan la diarrea acuosa característica.

Después de la ingestión de ooquistes, los esporozoítos liberados invaden enterocitos en el intestino delgado, donde se desarrollan en trofozoítos, realizan múltiples ciclos de reproducción asexual, y forman gametocitos que se fusionan para dar lugar a nuevos ooquistes.

La fase asexual del ciclo ocurre exclusivamente en el hígado, donde los esporozoítos invaden los hepatocitos y se desarrollan en esquizontes que liberan merozoítos en la circulación.

Los ooquistes inmaduros son eliminados por las heces del huésped, donde maduran a esporozoítos y se liberan en el ambiente para reiniciar el ciclo en el mismo huésped, sin la participación de los enterocitos.