Optinė mikroskopija leidžia pasiekti didesnį didinimą nei elektroninė

Optinė mikroskopija suteikia reljefinį vaizdą, o elektroninė – tik spalvinį

Elektroninėje mikroskopijoje naudojamos tik stiklinės linzės

Optinė mikroskopija naudoja šviesos spindulius, o elektroninė – elektronų pluoštą