Los principios de funcionamiento del federalismo mexicano son el sentido de subordinación, vertical, de todos los órganos municipales y estatales al federal, en todas sus facultades y ejercicios; más el principio de horizontalidad de respeto entre estos niveles, municipio con municipio y estados con estados.

Los principios del federalismo mexicano son los niveles del mismo: municipio, estatal, nacional o general-federación, más el de la Ciudad de México.

El federalismo mexicano funciona mediante dos principios: el vertical, donde funciona la supremacía constitucional para los actos jurídicos, donde el nivel constitucional local se subordina al general aunque con libertad de acción y de expansión. El principio horizontal, donde funciona el principio de competencia en dependencia de lo que tiene facultado cada autoridad en sus tres niveles de organización federal; para esto existen facultades concurrentes, donde varias autoridades pueden tener facultades de decisión sobre la misma cosa, por ej; protección ambiental; facultades compartidas, donde los tres diferentes niveles federales de gobierno comparten funciones regulativas pero cada uno con especificidad, como por ej, la educación, salubridad y asentamientos humanos.