Mogą być one skomplikowane do zrozumienia i zastosowania, szczególnie dla osób bez doświadczenia.

Ułatwiają wdrażanie zmian w procesach.

Dostępnych jest niewiele narzędzi do automatyzacji modelowania IDEF.

Wymagają dużej ilości czasu i wysiłku do stworzenia dokładnych modeli.