Se pueden alinear frente al genoma de referencia tanto con BWA como con HISAT2.

Es mejor alinearlos con BWA porque es un alineador mucho más eficiente

Los datos de RNA-seq no se alinean frente al genoma de referencia nunca. 

Es necesario alinearlos con HISAT2 porque los datos de RNA-seq son mucho más pesados y BWA no puede con ellos.

Se deben alinear con HISAT2 para alinear bien las lecturas que contienen splicings.