При наличии HIPS администратор сети должен проверять поддержку всех операционных систем, используемых в сети.

При наличии HIPS невозможно предопределить успех или неудачу атаки.

В HIPS трудно построить общую картину сети и координировать события, происходящие в рамках всей сети.

Системы HIPS подвержены атакам с фрагментацией пакетов или манипулированием TTL.

Если сетевой поток трафика зашифрован, HIPS не в состоянии получить доступ к незашифрованным формам трафика.