VOC akhirnya dibubarkan. Pada tahun 1807, Republik Bataafsche dihapuskan oleh Kaisar Napoleon Bonaparte dan diganti bentuknya menjadi Kerajaan Holland di bawah pemerintahan Raja Louis Napoleon Bonaparte (adik dari Kaisar Napoleon). VOC akhirnya dibubarkan pada tahun 1799. Segala tanggung jawab VOC diambil alih oleh Kerajaan Belanda dan terbentuknya pemerintahan Hindia Belanda (Nederlands Indies). Pengambilan kekuasaan ini dimaksudkan agar wilayah Indonesia tetap berada dalam pengendalian Belanda. Dalam hal perkembangannya, Raja Louis Napoleon Bonaperte, yang bertanggung jawab atas wilayah Kerajaan Belanda, menunjuk Stanfrod Raffles sebagai Gubernur Jendral di Indonesia.