La presència de glucosa pot reduir l’expressió de lacZ per repressió catabòlica, però l’ús d’IPTG acaba compensant aquest efecte.

En absència d’insert al MCS, la β-galactosidasa es reconstitueix i hidrolitza X-gal donant colònies blaves

Les colònies blaves només apareixen quan han incorporat pUC18  on el gen lacZ' no està truncat

Les colònies satèl·lit, tot i no portar plasmidi, poden esdevenir  blaves ja que poden degradar X-gal present en el medi.

L’ampicil·lina permet seleccionar només els bacteris que han incorporat el plasmidi, independentment de si aquest porta o no un insert al MCS.

X-gal és un substrat cromogènic; quan es trenca per β-galactosidasa, allibera un producte blau insoluble.

El gen lacZ′ de pUC18 codifica el pèptid α, que complementa el pèptid ω cromosòmic d’E. coli (α-complementació).

Les cèl·lules poden expressar lacZ′ i produir el pèptid α encara que no hi hagi lactosa al medi, ja que l’IPTG actua com a anàleg de l’al·lolactosa i permet l'inducció l’operó lac.

Si s’insereix un fragment petit al MCS, aquest no altera el marc de lectura ni interromp cap regió crítica del pèptid α, de manera que l’activitat de la β-galactosidasa es conserva i les colònies són blaves.

En presència de glucosa, IPTG és incapaç d’induir l’operó lac, i per això les colònies mai poden ser blaves si hi ha glucosa al medi.

El pèptid ω de la β-galactosidasa és codificat per pUC18 i el pèptid α pel cromosoma bacterià i entre ells es dóna l'α-complementació

Les colònies blanques poden correspondre a bacteris sense plasmidi pUC18 o bé a bacteris amb plasmidi recombinant que interromp lacZ′.

Si un fragment s’insereix al MCS, s’interromp lacZ′, no es produeix el pèptid ω i s’obtenen colònies blanques

IPTG pot ser utilitzat pels bacteris com a font de carboni.

IPTG és un anàleg de l’al·lolactosa que inactiva el repressor LacI i indueix l’expressió de lacZ.

La inducció amb IPTG és irreversible a diferència de la lactosa, ja que l’IPTG no és metabolitzat per la cèl·lula i es manté actiu durant tot el creixement.

El sistema de cribratge funciona de manera òptima en soques amb deleció de lacZ endogen, de manera que només poden aportar el pèptid ω