Las tuberías nos permiten intercambiar información en forma de flujo continuo. En cambio, las colas de mensajes están orientadas al intercambio de fragmentos discretos de información

No existe ninguna diferencia

Las tuberías permiten definir el orden en el que se lee la información, en cambio, las colas de mensaje no tienen esta funcionalidad

Las tuberías son controladas por el sistema operativo, pero las colas de mensajes las gestiona el programa que implementemos