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PA02E190 Analyse de données scientifiques

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La fonction qui permet de lister :

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La fonction qui permet de changer de répertoire de travail est :

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Quelle fonction retourne la version de R et celle de tous les packages chargés dans la session?

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Quelle commande avez-vous utilisé pour vous assurer que le dataframe brca1_vcf ne contenait que des SNP présents dans BRCA1

Collez la commande exacte ci-dessous.

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A propos de vcf_annot, quelles propositions sont vraies ?

0%
0%
100%
0%
100%
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En observant les différentes table de contingence et les résultats des tests statistiques, diriez-vous pour le SNP considéré que les affirmations suivantes sont vraies ?:

  - Les populations

AFR et EAS sont plus proches entre elles qu'elles ne le sont de SAS

  - Les populations

EAS et SAS sont plus proches entre elles qu'elles ne le sont de AFR

  - Ces résultats sont généralisables à l'ensemble des SNP du génome.

  - Le test de Chi^2 entre

AFR et EAS envoie un warning message

car l'une des catégories présente un faible effectif.

100%
0%
100%
0%
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Complétez la

cell 37 pour connaitre le nombre de données manquantes pour le score CADD dans la catégorie is_intronic.

sum(is.na(XXX)) (indiquez ce qui correspond à XXX)

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Commentez brièvement (un court paragraphe) les résultats des cells 33 à 35 et expliquez si ils représentent selon vous un problème.

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Le dataset ne contient-il plus que des SNP présents dans BRCA1 ?

0%
100%
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Ces plots (générés par les cells 11 à 13) représentent la densité en SNP le long du gène BRCA1.

Laquelle de ces représentations choisiriez vous et pourquoi (justifiez en une brève phrase) ?

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