Az ügyészség és a hatáskörébe tartozó ügyben az NVVH egyaránt közvádlóként jár el, nyomoz, felügyeli a felderítés törvényességét és irányítja a vizsgálatot, ugyanakkor míg az ügyészség felügyeleti és irányítási jogkörének gyakorlását a felettes ügyészség végzi, addig az NVVH tekintetében az erre vonatkozó felettes ügyészségi jogokat az NVVH törvény szerint kijelölt vezetője gyakorolja.