Алгоритм Прима находити всі мінімальні остовні дерева, а алгоритм Крускала – тільки одне.

Алгоритм Прима завжди будує мінімальне остовне дерево, а алгоритм Крускала – не завжди.

Алгоритм Пріма працює тільки для зважених графів, а алгоритм Крускала – для будь-яких графів.

Алгоритм Прима починає з довільної вершини, а алгоритм Крускала – з найменшого ребра.

Алгоритм Прима використовує структуру черги з пріоритетами, а алгоритм Крускала – ліс.