IMAP només permet enviar correus electrònics, mentre que POP només permet rebre'ls, per tant no tenen funcionalitats semblants.

IMAP descarrega tots els correus electrònics al dispositiu local i els elimina del servidor, mentre que POP manté els missatges al servidor per a un accés futur.

IMAP manté els correus electrònics al servidor i sincronitza els canvis (com llegir, esborrar o moure missatges) entre tots els dispositius, mentre que POP descarrega els correus al dispositiu local i normalment els elimina del servidor un cop descarregats.

IMAP encripta automàticament totes les connexions per defecte, mentre que POP no suporta cap forma d’encriptació, fet que el fa inherentment insegur.