Неможливість використання символьних імен для доступу до інформації

Низька швидкість зчитування при послідовному доступі до даних

Виникнення зовнішньої фрагментації та складність динамічного розширення розміру файлу

Потреба у зберіганні величезних таблиць FAT в оперативній пам'яті

Втрата даних при кожному вимкненні електроживлення обчислювальної системи