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MGIN 3h Praxis - Medizin- und Gesundheitsinformatik - 5AHBGM - SJ2627

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GC-Anteil von archiv_fragment.fasta in Prozent (1 Nachkommastelle, Punkt)

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Wie viele Basen hat die Sequenz in archiv_fragment.fasta? (ganze Zahl)

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GC-Anteil von NC_001422.1 in Prozent (1 Nachkommastelle, Punkt als Dezimaltrennzeichen)

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Wie viele Reads bleiben mit der Regel „mittlerer Phred ≥ 20 und Länge ≥ 50“? (ganze Zahl)

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Lade dein ausgeführtes Notebook MGIN3-A02-zwanzig-roehrchen.ipynb hoch (alle Zellen mit Output) und schreib in zwei Sätzen, was das Kriterium „mittlerer Phred ≥ 20“ bei einem Read übersieht, dessen Qualität erst am 3'-Ende einbricht. Abgabe bis Stundenende.

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Wie viele Basen hat das Genom NC_001422.1, geholt über die NCBI-E-utilities? (ganze Zahl)

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In der Qualitätszeile eines Reads steht an einer Position das Zeichen „5“ (ASCII 53). Welcher Phred-Wert ist das bei Phred+33? (ganze Zahl)

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Wie viele Reads enthält nih_lauf01.fastq? (ganze Zahl)

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Auf welchem Strang und in welchem Rahmen liegt der längste ORF?