Munculnya kasus Bulloggate dan Bruneigate yang menimbulkan ketidakpercayaan rakyat terhadap pemerintah

Konflik mengenai jabatan Kapolri yang membuat Gusdur harus berselisih dengan DPR karena mengangkat Kapolri baru tanpa persetujuan DPR

Presiden Gusdur menentang rencana sidang istimewa MPR dengan menyatakan sidang tersebut illegal. Dukungan partai politik terhadap Gusdur pun mulai berkurang

Kebijakan Gusdur yang sering melakukan kunjungan ke luar negeri dianggap kurang tepat di tengah kondisi politik dan ekonomi Indonesia yang belum stabil

Mengakui kebebasan beribadah bagi etnis Tionghoa dan menetapkan tahun baru Tionghoa (Imlek) menjadi libur nasional melalui Keputusan Presiden No. 6 Tahun 2000 tentang Pencabutan Instruksi Presiden No. 14 Tahun 1967 tentang Agama, Kepercayaan, dan Adat Istiadat Cina