Valor para colocar en las columnas que no tengan datos

Permite especificar el nombre de las columnas en el archivo de salida

Carácter para separar los valores de las columnas

Opción para añadir el contenido a un archivo sin borrar el contenido del mismo.

Indica el tamaño mínimo de la semilla (sed) para alinear

Especifica el nombre de salida del archivo

Indica la penalización por introducir huecos (gaps) en el alineamiento

Extrae estadísticas a partir de los archivos de índice de alineamiento

Convierte los archivos de alineamiento a FASTQ

Marca duplicados de PCR

Extrae las estadísticas de cobertura para cada una de las regiones de un bed

Ordena el archivo de alineamiento

Especifica el tamaño mínimo de los fragmentos para el alineamiento

Añade la palabra "chr" a los nombres de los cromosomas en el alineamiento

Tamaño de la semilla (seed) para el alineamiento

Archivo que contiene información sobre las posiciones del genoma y las secuencias que han leído esa posición. Se genera con el comando samtools mpileup

Información de la localización de cada secuencia en el genoma de referencia en codificación de texto universal

Secuencias de cada uno de los fragmentos introducidos en el secuenciador

Versión binaria del archivo sam que necesita herramientas específicas para su lectura y manipulación

Listado de mutaciones encontrados en una o varias muestras

Versión binaria del archivo vcf que necesita herramientas específicas para su lectura y manipulación