Crowdly
Add to Chrome
Bioinformaatika II (LOMR.10.005)
Looking for Bioinformaatika II (LOMR.10.005) test answers and solutions? Browse our comprehensive collection of verified answers for Bioinformaatika II (LOMR.10.005) at moodle.ut.ee.
Get instant access to accurate answers and detailed explanations for your course questions. Our community-driven platform helps students succeed!
Esitasin ChatGPT-le järgneva küsimuse. Kas nõustute ta vastusega või mitte? Põhjendage.
Küsimus: Grep käsuga on võimalik väga lihtsalt kokku lugeda järjestuste arvu FASTA failis. Millist/milliseid järgnevatest sümbolitest/mustritest saab kasutada lugemite arvu leidmiseks FASTQ failist ja miks?
a) > b) @ c) R1 d) R2
ChatGPT vastus:
FASTQ failis on lugemid määratud rea alguses oleva @ tähemärgiga. Seega, et lugeda lugemite arvu, võib kasutada grep "@“ käsku. @ tähemärk näitab lugemi ID rea alguses ja igal lugemil on unikaalne ID.
Näide:
grep "@" file.fastq | wc -l
- grep "@" file.fastq: Otsib kõiki ridu, mis algavad @-ga, kuna iga lugem algab selle märgiga.
- wc -l: Loendab leitud ridu ehk lugemite arvu.
Kokkuvõttes:
- FASTA failis saab lugemite arvu lugeda grep ">" abil, kuna lugemid algavad > märgiga.
- FASTQ failis saab lugemite arvu lugeda grep "@" abil, kuna lugemid algavad @ märgiga.
Kas allolevatel puudel on sama topoloogia? Põhjendage.
Kas failis /home/data/BI2/eksam1/jarjestused.fasta olevate järjestuste põhjal saab koostada liigipuu kõigi 10 liigi kohta? Põhjendage lühidalt.
Millises formaadis on kataloogis /home/data/BI2/eksam1/ failid A2, A11 ja A13? Milline/millised neist failidest võiks olla puu arvutamise programmi väljundfail(id)?
Mitu genoomi joondati ja kas õnnestus joondada kõik analüüsitavad genoomid?
Leidke GenBank andmebaasist referentsina kasutatava genoomi järjestus ning laadige serverisse. Mis on selle faagi nimi?
Teostage BLASTi otsing. Väljundi formaadi võite ise valida, kuid arvestage, et saaksite tulemusse info, mida on vaja ülesande kirjelduses antud küsimusele vastamiseks. Salvestage tulemus faili. Milline oli käsurida?
Indekseerige vajadusel BLASTi otsingu tegemiseks andmebaas. Millise faili andmebaasiks valisite?
Millise BLASTi alamprogrammi valite homoloogiaotsingu tegemiseks ja miks?
Kas neid andmeid oleks vaja teisiti puhastada ning kui jah, siis mida muudaksite? Põhjendage oma otsust, arvestades ka ülesandes kirjeldatud eesmärki, miks genoom üldse sekveneeriti.