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PA02E190 Analyse de données scientifiques
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La fonction qui permet de lister :
La fonction qui permet de changer de répertoire de travail est :
Quelle fonction retourne la version de R et celle de tous les packages chargés dans la session?
Quelle commande avez-vous utilisé pour vous assurer que le dataframe brca1_vcf ne contenait que des SNP présents dans BRCA1 ?
Collez la commande exacte ci-dessous.
A propos de vcf_annot, quelles propositions sont vraies ?
En observant les différentes table de contingence et les résultats des tests statistiques, diriez-vous pour le SNP considéré que les affirmations suivantes sont vraies ?: - Les populations - Les populations - Ces résultats sont généralisables à l'ensemble des SNP du génome. - Le test de Chi^2 entre car l'une des catégories présente un faible effectif.AFR et EAS sont plus proches entre elles qu'elles ne le sont de SASEAS et SAS sont plus proches entre elles qu'elles ne le sont de AFRAFR et EAS envoie un warning message
Complétez la is_intronic.
sum(is.na(XXX)) (indiquez ce qui correspond à XXX)Commentez brièvement (un court paragraphe) les résultats des cells 33 à 35 et expliquez si ils représentent selon vous un problème.
Le dataset ne contient-il plus que des SNP présents dans BRCA1 ?
Ces plots (générés par les cells 11 à 13) représentent la densité en SNP le long du gène BRCA1.Laquelle de ces représentations choisiriez vous et pourquoi (justifiez en une brève phrase) ?